La sanguinosa storia del conflitto tra Hutu e Tutsi ha macchiato il 20 ° secolo, dal massacro di 80.000 a 200.000 Hutu da parte dell'esercito tutsi in Burundi nel 1972, al genocidio in Ruanda del 1994. In soli 100 giorni durante i quali le milizie Hutu hanno preso di mira Tutsi, tra 800.000 e 1 milione di persone sono state uccise.
Ma molti osservatori sarebbero sorpresi di apprendere che il conflitto di lunga data tra Hutu e Tutsi non ha nulla a che fare con la lingua o la religione - parlano le stesse lingue bantu oltre al francese e in generale praticano il cristianesimo - e molti genetisti sono stati sottoposti a forti pressioni trovare marcate differenze etniche tra i due, sebbene i Tutsi siano stati generalmente considerati più alti. Molti credono che i colonizzatori tedeschi e belgi abbiano cercato di trovare differenze tra Hutu e Tutsi al fine di classificare meglio le popolazioni autoctone nei loro censimenti.
In generale, il conflitto tra Hutu e Tutsi deriva dalla guerra di classe, con i Tutsi percepiti come dotati di maggiore ricchezza e status sociale (oltre a favorire l'allevamento del bestiame rispetto a ciò che viene visto come l'agricoltura di classe inferiore degli Hutu). Queste differenze di classe iniziarono nel corso del XIX secolo, furono esacerbate dalla colonizzazione e esplose alla fine del XX secolo.
Si pensa che i tutsi siano originari dell'Etiopia e siano arrivati dopo che gli hutu sono arrivati dal Ciad. I Tutsi avevano una monarchia risalente al 15 ° secolo; questo fu rovesciato su sollecitazione dei colonizzatori belgi nei primi anni '60 e gli Hutu presero il potere con la forza in Ruanda. In Burundi, tuttavia, una rivolta hutu fallì e i tutsi controllarono il paese.
I tutsi e gli hutu interagirono molto prima della colonizzazione europea nel XIX secolo. Secondo alcune fonti, il popolo hutu viveva originariamente nell'area, mentre i tutsi emigravano dalla regione del Nilo. Quando arrivarono, i tutsi furono in grado di affermarsi come leader nell'area con pochi conflitti. Mentre il popolo tutsi divenne "aristocrazia", vi furono molti matrimoni misti.
Nel 1925, il belga colonizzò l'area chiamandola Ruanda-Urundi. Invece di istituire un governo da Bruxelles, tuttavia, i belgi incaricarono i tutsi di ottenere il sostegno degli europei. Questa decisione portò allo sfruttamento del popolo hutu da parte dei tutsi. A partire dal 1957, gli Hutu iniziarono a ribellarsi contro il loro trattamento, scrivendo un Manifesto e mettendo in scena azioni violente contro i Tutsi.
Nel 1962, il Belgio lasciò l'area e si formarono due nuove nazioni, Ruanda e Burundi. Tra il 1962 e il 1994 si sono verificati numerosi scontri violenti tra Hutu e Tutsi; tutto ciò ha portato al genocidio del 1994.
Il 6 aprile 1994, il presidente hutu del Ruanda, Juvénal Habyarimana, fu assassinato quando il suo aereo fu abbattuto vicino all'aeroporto internazionale di Kigali. Anche il presidente hutu del Burundi, Cyprien Ntaryamira, è stato ucciso durante l'attacco. Ciò ha scatenato lo sterminio ben organizzato e ben organizzato di Tutsi da parte delle milizie Hutu, anche se la colpa dell'attacco aereo non è mai stata stabilita. Anche la violenza sessuale contro le donne tutsi era diffusa e le Nazioni Unite hanno ammesso che "atti di genocidio" erano probabilmente avvenuti dopo che circa mezzo milione di ruandesi erano già stati uccisi.
Dopo che il genocidio e i tutsi hanno ripreso il controllo, circa due milioni di hutu sono fuggiti in Burundi, in Tanzania (da cui 500.000 sono stati successivamente espulsi dal governo), in Uganda e nella parte orientale della Repubblica Democratica del Congo, dove la grande attenzione di Tutsi -Il conflitto hutu è oggi. I ribelli tutsi nella RDC accusano il governo di fornire copertura alle milizie hutu.