I sostenitori dei diritti degli animali si oppongono al mantenimento degli animali negli zoo, ma sostengono i santuari. Si oppongono al mantenimento degli animali negli zoo perché imprigionare gli animali per il nostro divertimento viola il loro diritto di vivere liberi dallo sfruttamento umano. Anche se gli animali appartengono a una specie in pericolo, tenerli in uno zoo per il bene delle specie viola i loro diritti perché il bene della specie non può essere posto al di sopra dei diritti dell'individuo. D'altra parte, i santuari salvano animali che non possono vivere allo stato brado e possono sopravvivere solo in cattività.
Sia gli zoo che i santuari confinano gli animali selvatici in penne, vasche e gabbie. Molti sono gestiti da organizzazioni senza scopo di lucro, espongono animali al pubblico ed educano il pubblico sugli animali. Alcuni accusano l'ammissione o richiedono una donazione dai visitatori.
La differenza principale tra zoo e santuari è il modo in cui acquisiscono i loro animali. Uno zoo potrebbe acquistare, vendere, allevare o scambiare animali o persino catturare animali selvatici. I diritti dell'individuo non sono considerati. Gli animali sono spesso allevati perché ai guardiani dello zoo piace avere una scorta costante di cuccioli per attirare il pubblico. Gli avventori dello zoo si aspettano di vedere animali vivaci e attivi, non animali vecchi e stanchi. Ma l'eccessivo allevamento porta al sovraffollamento. Gli animali in eccesso vengono venduti ad altri giardini zoologici, circhi o persino a caccia in scatola. Gli animali vengono acquisiti per soddisfare gli interessi dello zoo.
Un santuario non alleva, compra, vende o commercia animali. Un santuario inoltre non cattura animali selvatici ma acquisisce solo animali che non possono più sopravvivere in natura. Questi potrebbero includere animali selvatici feriti, animali esotici confiscati illegali, animali esotici che sono arresi dai loro proprietari e animali di zoo, circhi, allevatori e laboratori che si chiudono. Un santuario degli animali della Florida, il Busch Wildlife Sanctuary, tiene intenzionalmente fuori dalla vista alcuni animali in modo che gli animali non interagiscano con il pubblico. Questi animali hanno la possibilità di essere rimessi in libertà se si riprendono da lesioni o malattie. Gli animali che non avranno mai una possibilità di liberazione, come gli orsi neri orfani allevati in cattività e non sanno come sopravvivere in natura; Florida Panthers che una volta erano "animali domestici", quindi i loro artigli e alcuni denti sono stati rimossi; e serpenti che sono stati colpiti con pale e accecati o altrimenti compromessi, hanno potuto essere visti dal pubblico.
Mentre uno zoo può sostenere di avere uno scopo educativo, questa argomentazione non giustifica la detenzione dei singoli animali. Potrebbero anche sostenere che passare del tempo con gli animali ispira le persone a proteggerli, ma la loro idea di proteggere gli animali consiste nel portarli fuori dalla natura per confinarli in gabbie e penne. Inoltre, i sostenitori degli animali sostengono che la lezione principale insegnata dallo zoo è che abbiamo il diritto di imprigionare gli animali a cui gli umani possono guardare a bocca aperta. L'amore di Zoo per usare la vecchia e stanca discussione secondo cui quando i bambini vedono un animale, avranno un'affinità per esso e vorranno proteggerlo. Ma ecco il punto, ogni bambino sulla terra ama i dinosauri ma non un bambino ha mai visto un dinosauro.
Alcuni sostenitori del benessere degli animali distinguono tra zoo accreditati e zoo "lungo la strada". Negli Stati Uniti, l'Associazione degli zoo e degli acquari (AZA) concede l'accreditamento agli zoo e agli acquari che soddisfano i loro standard, comprese le procedure per la salute degli animali, la sicurezza, i servizi per gli ospiti e la tenuta dei registri. Il termine "zoo lungo la strada" è spesso usato per indicare uno zoo non accreditato, e generalmente è più piccolo, con meno animali e strutture inferiori.
Mentre gli animali negli zoo lungo la strada possono soffrire più degli animali negli zoo più grandi, la posizione dei diritti degli animali si oppone a tutti gli zoo, indipendentemente da quanto siano grandi le gabbie o le penne.
Le specie in pericolo di estinzione sono quelle che rischiano di estinguersi in una parte significativa del loro raggio d'azione. Molti giardini zoologici partecipano a programmi di riproduzione per specie in via di estinzione e un giorno potrebbero essere gli unici luoghi in cui esistono alcune specie. Ma imprigionare un piccolo numero di individui per il bene della specie viola i diritti dell'individuo. Una specie non ha diritti perché non è senziente. "Specie" è una categoria scientifica designata da persone, non un essere senziente capace di soffrire. Il modo migliore per salvare le specie in pericolo è proteggere il loro habitat. Questo è uno sforzo che tutti devono superare perché siamo nel mezzo della sesta estinzione di massa e stiamo perdendo animali ad un ritmo terribilmente rapido.
Può sembrare confuso per le persone quando vedono sostenitori dei diritti degli animali boicottare gli zoo mentre sostengono i santuari. Lo stesso potrebbe essere vero quando i fautori degli animali si oppongono alla custodia degli animali domestici ma hanno salvato cani e gatti dai rifugi. Il fattore importante da considerare è se stiamo sfruttando gli animali o li salviamo. I rifugi e i santuari salvano gli animali, mentre i negozi di animali e gli zoo li sfruttano. È davvero molto semplice.