Nel 1533 Francisco Pizarro, un conquistatore spagnolo, colonizzò il Perù per guadagnare potere e occidentalizzare il paese, cambiando completamente la dinamica della terra. Il Perù fu lasciato decimato, poiché gli spagnoli acquistarono malattie con loro, uccidendo oltre il 90% della popolazione inca.
Gli Incas arrivarono nel 1200 d.C., un gruppo indigeno di cacciatori e raccoglitori, composto da Ayllus, un gruppo di famiglie controllato da un Capo, chiamato "Curaca". La maggior parte degli Incas non vivevano in città poiché venivano usati per scopi governativi, visitavano solo per affari o per feste religiose poiché erano estremamente religiosi. L'economia degli Inca può essere considerata prospera poiché il Perù conteneva miniere che producevano lussi come oro e argento e avevano uno degli eserciti più potenti in quel momento, usando numerose armi e reclutando ogni maschio capace di prestare servizio militare.
Gli spagnoli conquistarono il Perù, con l'obiettivo di occidentalizzare il paese, cambiando completamente la dinamica della terra, simile alle intenzioni delle altre potenze coloniali durante l'era dell'esplorazione e della colonizzazione. Nel 1527 un altro esploratore spagnolo al comando di una nave spagnola, vide una zattera con 20 Incas a bordo, fu sorpreso di scoprire numerosi lussi, tra cui oro e argento. Ha addestrato tre degli Incas come interpreti mentre desiderava riportare le sue scoperte, questo ha portato alla spedizione di Pizarro nel 1529.
Gli spagnoli erano ansiosi di esplorare, attratti dalla prospettiva di un paese ricco. Per alcuni, come Pizarro e i suoi fratelli, ha permesso loro di fuggire dalla comunità impoverita dell'Estremadura, nella Spagna occidentale. Gli spagnoli desideravano inoltre ottenere prestigio e potere in Europa, conquistando in precedenza il Regno Azteco, in Messico nel 1521 e iniziando a conquistare l'America Centrale nel 1524.
Durante la sua terza spedizione in Perù, Francisco Pizarro conquistò il Perù nel 1533 dopo aver eseguito l'ultimo imperatore Inca, Atahualpa. Era stato aiutato da una guerra civile avvenuta tra due fratelli Inca, figli di una Sapa Inca. Pizarro fu assassinato nel 1541 quando "Almagro" fu nominato nuovo governatore peruviano. Il 28 luglio 1821, il Perù divenne indipendente dal dominio coloniale, dopo che un soldato argentino, chiamato San Martin, conquistò gli spagnoli in Perù.
La colonizzazione spagnola ha portato lo spagnolo a diventare la lingua principale in Perù. Gli spagnoli alterarono i dati demografici del paese e lasciarono il segno, per esempio, lo "stemma" spagnolo rimane ancora un simbolo per il Perù dopo essere stato dato dal re spagnolo Charles 1 nel 1537.
Gli spagnoli portarono con sé malattie, uccidendo numerosi Inca, tra cui l'imperatore Inca. Gli Incas catturarono la malaria, il morbillo e il vaiolo poiché non avevano immunità naturale. N. D. Cook (1981) ha mostrato che il Perù ha riscontrato un calo della popolazione del 93% a causa della colonizzazione spagnola. Tuttavia, gli Incas hanno fatto passare la sifilide agli spagnoli in cambio. Le malattie uccisero enormi quantità della popolazione inca; più inca tinti da malattie che sul campo di battaglia.
Gli spagnoli hanno anche raggiunto il loro obiettivo di diffondere il cattolicesimo in Perù, con circa quattro quinti della popolazione del Perù oggi come cattolica romana. Il sistema educativo del Perù ora include l'intera popolazione, differendo dal concentrarsi sulla classe dominante durante il dominio coloniale. Ciò ha giovato molto al Perù, che ora ha un tasso di alfabetizzazione del 90%, in contrasto con gli analfabeti e poveri Incas durante il dominio spagnolo, quindi non in grado di avanzare come paese.
Nel complesso, gli spagnoli sono riusciti a cambiare completamente i dati demografici del Perù. Hanno costretto la religione cattolica agli Incas, rimanendo la stessa oggi e mantenendo lo spagnolo come lingua principale. Hanno ucciso enormi quantità della popolazione Inca a causa di malattie dall'Europa, distruggendo la popolazione Inca e usando la tensione razziale per creare un sistema gerarchico con gli Inca in fondo. Gli spagnoli hanno anche influenzato molto il Perù, dato che gli hanno dato il nome, originando da un fraintendimento del nome indiano di "fiume".