Giustino era il nipote dell'imperatore Giustiniano: il figlio della sorella Vigilantia di Giustiniano. Come membro della famiglia imperiale, ricevette un'istruzione approfondita e godette di notevoli benefici non disponibili per i cittadini minori dell'Impero Romano d'Oriente. La sua potente posizione potrebbe essere il motivo per cui era posseduto da un'estrema sicurezza di sé che poteva essere, e spesso era, vista come arroganza.
Giustiniano non aveva figli suoi, e quindi ci si aspettava che uno dei figli e dei nipoti dei fratelli dell'imperatore ereditasse la corona. Giustino, come molti suoi cugini, aveva una schiera di sostenitori sia all'interno che all'esterno dell'ambiente del palazzo. Quando Giustiniano si avvicinò alla fine della sua vita, solo un altro contendente aveva reali possibilità di succedere all'imperatore: il figlio del cugino di Giustino Germanio, anche lui chiamato Giustino. Quest'altro Giustino, un uomo di notevole capacità militare, è considerato da alcuni storici un candidato migliore per la posizione di sovrano. Sfortunatamente per lui, il ricordo nostalgico dell'imperatore della sua defunta moglie Teodora potrebbe aver danneggiato le sue possibilità.
È noto che l'imperatore ha fatto molto affidamento sulla guida di sua moglie, e l'influenza di Teodora può essere chiaramente vista in alcune delle leggi approvate da Giustiniano. È possibile che la sua antipatia personale per Germanus abbia impedito a suo marito di formare un serio attaccamento ai figli di Germanus, incluso Justin. Inoltre, il futuro imperatore Giustino II era sposato con la nipote di Teodora, Sophia. Pertanto, è probabile che Giustiniano provasse sentimenti più calorosi per l'uomo che l'avrebbe sostituito. E, in effetti, l'imperatore chiamò suo nipote Giustino nell'ufficio di cura palatii. Questo ufficio era di solito ricoperto da un individuo con il grado di spectabilis, che si occupava delle faccende quotidiane generali nel palazzo, ma dopo la nomina di Giustino, il titolo veniva di solito conferito ai membri della famiglia imperiale o, occasionalmente, a principi stranieri.
Inoltre, quando Giustiniano morì, l'altro Giustino stava proteggendo la frontiera del Danubio nel suo ruolo di Maestro dei soldati in Illirico. Il futuro imperatore era a Costantinopoli, pronto a sfruttare ogni occasione.
Quell'occasione è arrivata con la morte inaspettata di Giustiniano.
Giustiniano potrebbe essere stato a conoscenza della sua mortalità, ma non ha previsto un successore. Morì improvvisamente nella notte del 14/15 novembre 565, non avendo mai nominato ufficialmente chi avrebbe preso la sua corona. Ciò non ha impedito ai sostenitori di Justin di manovrarlo sul trono. Anche se Giustiniano probabilmente morì nel sonno, il ciambellano Callinico affermò che l'imperatore aveva designato il figlio di Vigilantia come suo erede con il suo respiro morente.
Nelle prime ore del mattino del 15 novembre, il ciambellano e un gruppo di senatori che erano stati svegliati dal loro sonno si precipitarono al palazzo di Giustino, dove furono accolti da Giustino e sua madre. Callinico riferì il desiderio morente dell'imperatore e, sebbene mostrasse riluttanza, Justin acconsentì rapidamente alla richiesta dei senatori di prendere la corona. Scortati dai senatori, Giustino e Sophia si diressero verso il Grande Palazzo, dove gli Excubitor bloccarono le porte e il patriarca incoronò Giustino. Prima che il resto della città sapesse che Giustiniano era morto, avevano un nuovo imperatore.
Al mattino, Justin è apparso nella scatola imperiale dell'ippodromo, dove si è rivolto al popolo. Il giorno dopo incoronò sua moglie Augusta. E, nel giro di poche settimane, l'altro Giustino fu assassinato. Sebbene la maggior parte della gente del giorno incolpasse Sophia, non sembra esserci dubbio che il nuovo imperatore stesso fosse dietro l'omicidio.
Giustino iniziò quindi a lavorare per ottenere il sostegno della popolazione.
Giustiniano aveva lasciato l'impero in difficoltà finanziarie. Giustino pagò i debiti del suo predecessore, rimise le tasse scadute e ridusse le spese. Ha anche restaurato il consolato che era decaduto nel 541. Tutto ciò ha aiutato l'economia locale, che ha ottenuto allo stesso modo i voti alti della nobiltà e della popolazione in generale.
Ma le cose non erano tutte rosee a Costantinopoli. Nel secondo anno del regno di Giustino ebbe luogo una cospirazione, probabilmente motivata dall'omicidio politico dell'altro Giustino. I senatori Aetherios e Addaios evidentemente tramarono per avvelenare il nuovo imperatore. Gli eterosessuali confessarono, nominando Addaeus come suo complice ed entrambi furono giustiziati. Le cose sono andate considerevolmente più lisce dopo.
Lo scisma acace che aveva diviso la Chiesa tra la fine del quinto e l'inizio del sesto secolo non si era concluso con l'abolizione della filosofia eretica che aveva scatenato la scissione. Le chiese monofisite erano cresciute e si erano trincerate nell'Impero Romano d'Oriente. Teodora era stata una solida monofisita e, con l'età di Giustiniano, era diventato sempre più propenso alla filosofia eretica.
Inizialmente, Giustino mostrò una tolleranza religiosa abbastanza liberale. Fece rilasciare dalla prigione uomini di chiesa monofisici e permise ai vescovi in esilio di tornare a casa. Apparentemente Justin voleva unire le diverse fazioni monofisite e, in definitiva, riunire la setta eretica con il punto di vista ortodosso (come espresso al Concilio di Calcedonia). Sfortunatamente, ogni tentativo che fece per facilitare la concordia fu accolto con il rifiuto di estremisti monofisiti intransigenti. Alla fine la sua tolleranza si trasformò in testardaggine e istituì una politica di persecuzione che durò fino a quando ebbe il controllo dell'impero.
Giustiniano aveva perseguito una varietà di metodi per costruire, mantenere e preservare terre bizantine ed era riuscito ad acquisire un territorio in Italia e nell'Europa meridionale che aveva fatto parte del vecchio impero romano. Giustino era determinato a distruggere i nemici dell'impero e non era disposto a scendere a compromessi. Non molto tempo dopo aver raggiunto il trono, ricevette emissari dagli Avari e rifiutò loro i sussidi concessi da suo zio. Ha poi stretto un'alleanza con i turchi occidentali dell'Asia centrale, con i quali ha combattuto contro gli Avari e forse anche i persiani.