La battaglia di Lepanto fu un importante impegno navale durante le guerre ottomano-asburgiche. La Lega Santa sconfisse gli Ottomani a Lepanto il 7 ottobre 1571.
Dopo la morte di Solimano il Magnifico e l'ascesa di Sultano Selim II al trono ottomano nel 1566, iniziarono i piani per l'eventuale cattura di Cipro. Detenuta dai veneziani dal 1489, l'isola era in gran parte circondata dai possedimenti ottomani sulla terraferma e offriva un porto sicuro per i corsari che attaccavano abitualmente le navi ottomane. Con la fine di un lungo conflitto con l'Ungheria nel 1568, Selim avanzò con i suoi progetti sull'isola. Atterrando una forza di invasione nel 1570, gli Ottomani catturarono Nicosia dopo un sanguinoso assedio di sette settimane e conquistarono diverse vittorie prima di arrivare all'ultima roccaforte veneziana di Famagosta. Incapaci di penetrare nelle difese della città, assediarono nel settembre del 1570. Nel tentativo di rafforzare il sostegno alla lotta veneziana contro gli ottomani, Papa Pio V lavorò instancabilmente per costruire un'alleanza tra gli stati cristiani nel Mediterraneo.
Nel 1571, le potenze cristiane nel Mediterraneo riunirono una grande flotta per affrontare la crescente minaccia dell'Impero ottomano. Radunata a Messina, in Sicilia, a luglio e agosto, la forza cristiana era guidata da Don Giovanni d'Austria e conteneva navi di Venezia, Spagna, Stato Pontificio, Genova, Savoia e Malta. Navigando sotto lo stendardo della Lega Santa, la flotta di Don Giovanni era composta da 206 galere e 6 gallasse (grandi galere che montavano l'artiglieria). Remando verso est, la flotta si fermò a Viscardo a Cefalonia, dove venne a conoscenza della caduta di Famagosta e delle torture e uccisioni dei comandanti veneziani lì. Resiste al maltempo Don Giovanni si avvicinò a Sami e arrivò il 6 ottobre. Ritornando in mare il giorno successivo, la flotta della Holy League entrò nel Golfo di Patrasso e presto incontrò la flotta ottomana di Ali Pasha.
Al comando di 230 galee e 56 galliot (piccole galee), Ali Pasha aveva lasciato la sua base a Lepanto e si stava spostando a ovest per intercettare la flotta della Lega Santa. Quando le flotte si avvistarono, si formarono per la battaglia. Per la Lega Santa, Don Giovanni, a bordo della cucina Vero, divise la sua forza in quattro divisioni, con i veneziani sotto Agostino Barbarigo a sinistra, lui stesso al centro, i genovesi sotto Giovanni Andrea Doria a destra e una riserva guidata da Álvaro de Bazán, il Marchese de Santa Cruz nella parte posteriore. Inoltre, ha spinto fuori i gallasses di fronte alle sue divisioni sinistra e centrale dove potevano bombardare la flotta ottomana.
Volare la sua bandiera da Sultanina, Ali Pasha guidava il centro ottomano, con Chulouk Bey a destra e Uluj Ali a sinistra. All'inizio della battaglia, i gallasses della Lega Santa affondarono due galee e distrussero le formazioni ottomane con il loro fuoco. Mentre le flotte si avvicinavano, Doria vide che la linea di Uluj Ali si estendeva oltre la sua. Spostandosi verso sud per evitare di essere fiancheggiato, Doria aprì un divario tra la sua divisione e quella di Don John. Vedendo il buco, Uluj Ali girò a nord e attaccò nel buco. Doria rispose a questo e presto le sue navi duellarono con quelle di Uluj Ali.
A nord, Chulouk Bey riuscì a girare il fianco sinistro della Lega Santa, ma determinò la resistenza dei veneziani e l'arrivo tempestivo di un gallo cedro, respinse l'attacco. Poco dopo l'inizio della battaglia, le due navi ammiraglie si ritrovarono e iniziò una lotta disperata Vero e Sultanina. Insieme, le truppe spagnole furono respinte due volte quando tentarono di salire a bordo della cambusa ottomana e furono necessari rinforzi da altre navi per invertire la tendenza. Al terzo tentativo, con l'aiuto della cambusa di Álvaro de Bazán, gli uomini di Don John furono in grado di prendere Sultanina uccidendo Ali Pasha nel processo.
Contro i desideri di Don Giovanni, Ali Pasha fu decapitato e la sua testa mostrata su un luccio. La vista della testa del loro comandante ebbe un grave impatto sul morale ottomano e iniziarono a ritirarsi intorno alle 16:00. Uluj Ali, che ebbe successo contro Doria e conquistò l'ammiraglia maltese Capitana, si ritirò con sedici galee e ventiquattro gallioti.
Nella battaglia di Lepanto, la Lega Santa perse 50 galere e subì circa 13.000 vittime. Ciò fu compensato dalla liberazione di un numero simile di schiavi cristiani dalle navi ottomane. Oltre alla morte di Ali Pasha, gli ottomani persero 25.000 morti e feriti e altri 3.500 catturati. La loro flotta perse 210 navi, di cui 130 furono catturate dalla Lega Santa. Arrivando a quello che era visto come un punto di crisi per il cristianesimo, la vittoria a Lepanto ha causato l'espansione ottomana nel Mediterraneo e ha impedito alla loro influenza di diffondersi a ovest. Sebbene la flotta della Holy League non sia stata in grado di sfruttare la loro vittoria a causa dell'inizio del clima invernale, le operazioni nei due anni successivi hanno effettivamente confermato una divisione del Mediterraneo tra gli stati cristiani a ovest e gli ottomani a est.