Guilá Naquitz è uno dei siti archeologici più importanti delle Americhe, riconosciuto per le sue scoperte rivoluzionarie nella comprensione dell'addomesticamento delle piante. Il sito è stato scavato negli anni '70 dall'archeologo statunitense Kent V. Flannery, utilizzando metodi pionieristici di campionamento ambientale ed ecologico. I risultati di queste tecniche di campionamento a Guila Naquitz e in altri scavi che seguirono riscrissero ciò che gli archeologi avevano precedentemente capito dei tempi di addomesticamento delle piante.
Guilá Naquitz è una piccola grotta occupata da cacciatori-raccoglitori locali almeno sei volte tra l'8000 e il 6500 a.C., da cacciatori e raccoglitori, probabilmente durante l'autunno (da ottobre a dicembre) dell'anno. La grotta si trova nella valle del Tehuacán, nello stato di Oaxaca, in Messico, a circa 3 miglia (5 chilometri) a nord-ovest della città di Mitla. La foce della grotta si apre vicino alla base di una grande scogliera ignimbrita che sale ~ 1000 piedi (300 metri) sopra il fondovalle.
Le prime informazioni sull'addomesticamento di molte colture domestiche americane-mais, zucca in bottiglia, zucca e fagioli - furono trovate negli anni '50 e '60 all'interno di depositi esplorati in cinque grotte in Messico. Quelli erano Guilá Naquitz; Le grotte di Romero e Valenzuela vicino a Ocampo, Tamaulipas; e le grotte di Coxcatlán e San Marcos a Tehuacán, Puebla.
Cinque strati naturali (A-E) sono stati identificati nei depositi delle caverne, che si estendevano fino a una profondità massima di 55 pollici (140 centimetri). Sfortunatamente, solo gli strati superiori (A) possono essere definitivamente datati, in base alle date del radiocarbonio dai suoi pavimenti e ceramiche viventi che corrispondono al Monte Alban IIIB-IV, ca. 700 CE. Le date degli altri strati all'interno della grotta sono in una certa misura contraddittorie: ma le date del radiocarbonio AMS sulle parti della pianta che sono state scoperte negli strati B, C e D hanno restituito date a quasi 10.000 anni fa, ben all'interno del periodo arcaico e, per il tempo che fu scoperto, fu una data incredibilmente precoce.
Negli anni '70 si verificò un acceso e acceso dibattito, in particolare sulle date del radiocarbonio dai frammenti di pannocchia di teila (il precursore genetico del mais) di Guila Naquitz, le preoccupazioni che si dissiparono in gran parte dopo date analogamente vecchie per il mais furono recuperate dalle grotte di San Marcos e Coxcatlan a Oaxaca e Puebla e il sito di Xihuatoxtla a Guerrero.
Una vasta gamma di alimenti vegetali è stata recuperata all'interno dei depositi delle caverne di Guilá Naquitz, tra cui ghiande, pignoni, frutti di cactus, hackberries, baccelli di mesquite e, soprattutto, le forme selvagge di zucca in bottiglia, zucca e fagioli. Tutte quelle piante sarebbero state addomesticate nel giro di poche generazioni. Altre piante attestate a Guila Naquitz sono peperoncino, amaranto, chenopodium e agave. Le prove dai depositi delle caverne includono parti di piante: peduncoli, semi, frutti e frammenti di scorza, ma anche polline e fitoliti.
Tre pannocchie con elementi vegetali di teosinte (il progenitore selvaggio del mais) e di mais, sono stati trovati all'interno dei depositi e datati direttamente dal radiocarbonio AMS risalente a circa 5.400 anni; sono stati interpretati come mostrando segni di incipiente addomesticamento. Anche le scorze di zucca erano datate al radiocarbonio, con date di ritorno di circa 10.000 anni fa.