Attualmente si discute su quante specie di cacao (Theobroma spp) esiste nel mondo o è mai esistito. Le varietà riconosciute identificate (e discusse) includono Theobroma cacao ssp. cacao (chiamato Criollo e trovato in tutta l'America centrale); T. cacao spp. sphaerocarpum (chiamato Forastero e trovato nel bacino amazzonico settentrionale); e un ibrido dei due chiamato Trinitario. Recenti studi genetici suggeriscono che tutte le forme di cacao sono semplicemente versioni di Forastero. Se vero, il cacao ha avuto origine nell'Amazzonia superiore della Colombia e dell'Ecuador ed è stato portato in America centrale dall'intervento umano. Gli studi etnografici nell'Amazzonia settentrionale hanno rivelato che l'uso di cacao lì era limitato alla produzione di cacao chicha (birra) dalla frutta, non dalla lavorazione dei fagioli.
Le prime prove conosciute sull'uso dei semi di cacao si trovavano al di fuori del bacino amazzonico e risalgono al 1900-1500 a.C. circa. I ricercatori hanno studiato i residui all'interno di diverse ciotole risalenti alle prime società in Mesoamerica usando la spettrometria di massa e hanno scoperto prove di teobromina all'interno di un tecomato a Paso de la Amada, un sito di Mokaya nel Chiapas meridionale, in Messico. Hanno anche trovato una ciotola test positiva per Teobromina dal sito El Manati Olmec di Veracruz, datata all'incirca nel 1650-1500 a.C..
Altri siti archeologici con le prime prove dell'uso del cioccolato includono Puerto Escondido, Honduras, circa 1150 a.C., e Colha, Belize, tra il 1000 e il 400 a.C..
Sembra chiaro che l'innovazione per piantare e coltivare alberi di cacao sia un'invenzione mesoamericana. Fino a poco tempo fa, gli studiosi lo credevano, sin dalla parola Maya Kakaw proviene dalla lingua Olmec, l'Olmec deve essere stato il progenitore di questo delizioso liquido. Tuttavia, recenti studi archeologici a Puerto Escondido in Honduras suggeriscono che i passi iniziali verso l'addomesticamento del cacao sono avvenuti prima dell'ascesa della civiltà olmeca quando l'Honduras era in attivo commercio con la regione di Soconusco.
I siti archeologici con prove della prima domesticazione del cioccolato includono Paso de la Amada (Messico), El Manati (Messico), Puerto Escondido (Honduras), Bat'sub Cave (Belize), Xunantunich (Guatemala), Rio Azul (Guatemala), Colha ( Belize).
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