Il termine nicchia, quando viene utilizzato nella scienza della biologia ecologica, viene utilizzato per definire il ruolo di un organismo in un ecosistema. Non solo la sua nicchia include l'ambiente in cui vive un determinato organismo, ma include anche il "lavoro" dell'organismo in quell'ambiente. Una nicchia può anche comprendere ciò che l'organismo mangia, come interagisce con altri elementi viventi (biotici) e anche come interagisce con gli aspetti non viventi (abiotici) dell'ambiente,.
Tutti gli organismi viventi hanno ciò che viene chiamato a nicchia fondamentale. La nicchia fondamentale comprende tutte le possibilità aperte all'organismo all'interno di quell'ambiente: tutte le possibili fonti di cibo, tutti i ruoli comportamentali aperti nell'ambiente e tutti gli habitat adeguati disponibili. Ad esempio, un orso nero (Ursa americanus) è una specie ampiamente distribuita e onnivora che ha una nicchia fondamentale considerevole, dal momento che può mangiare carne e una vasta gamma di vegetazione e può prosperare in boschi bassi e regioni montuose erbose. Prospera nelle terre selvagge profonde ma è anche altamente adattabile alle aree vicine all'insediamento umano.
In realtà, tuttavia, un organismo non può utilizzare tutte le risorse adeguate in un ambiente contemporaneamente. Invece, l'organismo avrà una gamma più ristretta di alimenti, ruoli e habitat che utilizza. Questo ruolo più specifico si chiama organismo nicchia realizzata. Ad esempio, le circostanze o la concorrenza possono ridurre la nicchia realizzata da un orso nero in una nicchia in cui gli alimenti consistono esclusivamente di bacche e carni di carogne e il riparo è limitato alle tane di terra. Piuttosto che un cacciatore, la sua nicchia potrebbe diventare quella di un browser.
Anche le relazioni simbiotiche entrano in gioco per determinare la nicchia di un organismo. I predatori che si trovano nella zona possono limitare la nicchia di un organismo e in particolare dove può trovare sicurezza e riparo. I concorrenti limiteranno anche le fonti alimentari e altri nutrienti, quindi possono anche influenzare il luogo in cui un organismo vive. Ad esempio, l'orso nero e l'orso bruno (Ursus arctos) si sovrappongono su gran parte delle loro gamme, e dove ciò accade, l'orso bruno più potente avrà generalmente la sua scelta di rifugio e gioco, limitando la nicchia disponibile per l'orso nero.
Non tutte le relazioni sono competitive. Un organismo può anche cercare altre specie con cui interagire positivamente per definire la sua nicchia. Il commensalismo e il mutualismo con altre specie nell'area possono rendere più semplice la vita di un organismo. Il commensalismo è una relazione in cui una specie beneficia mentre l'altra non è interessata; il mutualismo è una relazione in cui entrambe le specie ne beneficiano. Un orso nero che impara a nutrirsi di un'abbondanza di procioni uccisi lungo un'autostrada sta praticando il commensalismo; un orso che divora grandi quantità di more, quindi "pianta" nuove bacche distribuendole attraverso i suoi depositi scat sta praticando il mutualismo.
Fattori abiotici, come disponibilità d'acqua, clima, condizioni meteorologiche e, nel caso di piante, tipi di suolo e quantità di luce solare, possono anche restringere la nicchia fondamentale di un organismo alla sua nicchia realizzata. Di fronte a una prolungata siccità nella foresta, ad esempio, il nostro orso nero può trovare ridefinita la sua nicchia realizzata man mano che le piante preferite diminuiscono, le specie di selvaggina diventano più scarse e mentre le carenze idriche lo costringono a cercare rifugio in altre località.
In una certa misura, un organismo può adattarsi al suo ambiente, ma i suoi bisogni di base devono prima essere soddisfatti per poter stabilire una nicchia.