L'alchimista è un romanzo scritto in due parti e un epilogo. Gira intorno a un pastore andaluso di nome Santiago e alla sua ricerca della sua leggenda personale, che lo porta dal suo villaggio alle piramidi d'Egitto. Nei suoi viaggi incontra una serie di personaggi che lo aiutano direttamente o gli insegnano una lezione preziosa con l'esempio.
Melchizedek e l'alchimista diventano mentori, mentre l'inglese fornisce un esempio di ciò che accade se si spera di acquisire conoscenze principalmente dai libri, e il commerciante di cristallo gli mostra il tipo di vita che si conduce se non si tiene conto di una leggenda personale. L'alchimista è ambientato in un universo in cui ogni essere ha la sua leggenda personale e in cui il mondo ha un'anima, che è condivisa da tutto, dagli esseri viventi alla materia grezza.
Santiago è un giovane pastore andaluso ed è felice di un viaggio imminente in una città in cui era stato l'anno precedente, poiché aveva incontrato una ragazza di cui si era infatuato. È la figlia di un mercante che compra lana da lui, un uomo con problemi di fiducia che chiede a Santiago di tagliare le sue pecore davanti a sé per evitare qualsiasi frode. Dorme in una chiesa abbandonata, dove ha un sogno ricorrente che coinvolge la vista di piramidi. Quando lo spiega a una zingara, lei lo interpreta in modo piuttosto semplice, dicendo che deve davvero viaggiare in Egitto per trovare un tesoro sepolto. All'inizio è titubante perché si gode la vita da pastore e ha dovuto andare contro la volontà dei suoi genitori per perseguirla, poiché volevano che diventasse sacerdote.
Si imbatte quindi in un vecchio che si chiama Melchizedek, che spiega il concetto di "Leggenda personale", che è la realizzazione personale che tutti sono tenuti a perseguire. È "ciò che hai sempre desiderato realizzare. Tutti, quando sono giovani, sanno qual è la loro leggenda personale". Gli dice che deve ascoltare i presagi per trovare il suo tesoro, e gli dà due pietre magiche, Urim e Thummim, che rispondono "sì" e "no" alle domande a cui non riesce a trovare una risposta da solo.
Santiago arriva a Tangeri dopo aver venduto le sue pecore, ma una volta lì, viene derubato di tutti i suoi soldi da un uomo che gli aveva detto che poteva portarlo alle piramidi. Questo non lo preoccupa troppo, poiché inizia a lavorare per un commerciante di cristallo, rafforzando in realtà l'attività del suo datore di lavoro con le sue idee intelligenti. Il mercante di cristalli aveva una leggenda personale per fare un pellegrinaggio alla Mecca, ma ci rinunciò.
Una volta che Santiago guadagna abbastanza, non è sicuro di cosa fare. Sono trascorsi undici mesi e non è sicuro se dovrebbe tornare in Andalusia per comprare pecore con i suoi guadagni o procedere con la sua ricerca. Alla fine si unisce a una roulotte per viaggiare verso le piramidi. Lì, incontra un compagno di viaggio, noto come l'inglese, che si diletta in alchimia. Si dirige verso l'oasi di Al-Fayoum per incontrare un alchimista, mentre spera di imparare a trasformare qualsiasi metallo in oro. Mentre viaggia nel deserto, Santiago impara a mettersi in contatto con l'Anima del mondo.
Le guerre stanno cuocendo a fuoco lento nel deserto, quindi la carovana rimane per ora nell'oasi. Santiago decide di aiutare l'inglese a trovare l'alchimista. La loro fonte di informazioni è Fatima, una ragazza che incontra mentre sta raccogliendo acqua dal pozzo e di cui si innamora prontamente. Le propone il matrimonio e lei acconsente, purché completi la sua ricerca. È una “donna del deserto” che sa leggere i presagi e sa che tutti devono partire prima di tornare.
Dopo essersi avventurato nel deserto, Santiago ha una visione, per gentile concessione di due falchi che si attaccano l'un l'altro, dell'oasi attaccata. Attaccare un'oasi è una violazione delle regole del deserto, quindi lo collega ai capi principali, ma dicono che dovrà pagare con la sua vita se l'oasi non finisce per essere attaccata. Poco dopo questa visione, incontra uno sconosciuto che indossa abiti neri seduto su un cavallo bianco che si rivela essere l'alchimista.
L'oasi viene attaccata e grazie all'avvertimento di Santiago, gli abitanti sono in grado di sconfiggere i predoni. Questo non passa inosservato all'alchimista che, a sua volta, decide di fare da mentore a Santiago e aiutarlo a raggiungere le piramidi. Tuttavia, vengono presto catturati da un altro gruppo di guerrieri nel deserto. L'alchimista dice a Santiago che, per progredire nel viaggio, dovrebbe diventare il vento.
Conoscendo sempre più l'anima del mondo, Santiago si concentra sul deserto e alla fine riesce a diventare il vento. Questo spaventa i rapitori, che liberano prontamente sia lui che l'alchimista.
Lo fanno in un monastero, dove l'alchimista trasforma un po 'di piombo in oro e lo divide. Il suo viaggio si ferma qui, poiché deve tornare all'oasi, ma Santiago procede e alla fine raggiunge le piramidi. Comincia a scavare nel luogo in cui sognava di trovare il suo tesoro, ma viene teso un'imboscata dai predoni e subisce un duro pestaggio. Uno dei predoni, indagando su cosa stesse facendo Santiago, lo deride per il suo sogno, menzionando che aveva un sogno su un tesoro sepolto da una chiesa abbandonata in Spagna e che non era abbastanza stupido da inseguirlo.
Questo dà a Santiago la risposta che stava cercando. Una volta tornato alla chiesa in Spagna, scava prontamente il tesoro, ricorda di doverne una parte alla zingara e decide di ricongiungersi con Fatima.