Nel luglio del 1793, la rivoluzione era al minimo. Le forze nemiche avanzavano sul suolo francese, le navi britanniche si libravano vicino ai porti francesi nella speranza di collegarsi con i ribelli, la Vandea era diventata una regione di aperta ribellione e le rivolte federaliste erano frequenti. I parigini erano preoccupati che Charlotte Corday, l'assassina di Marat, fosse solo una delle migliaia di ribelli provinciali che operavano nella capitale, pronti a colpire i leader della rivoluzione a frotte. Nel frattempo, le lotte di potere tra sansculottes e i loro nemici avevano iniziato a scoppiare in molte sezioni di Parigi. L'intero paese si stava svolgendo in una guerra civile.
È peggiorato prima di migliorare. Mentre molte delle rivolte federaliste stavano collassando a causa delle pressioni locali - carenza di cibo, paura delle rappresaglie, riluttanti a marciare lontano - e le azioni dei deputati alla Convenzione inviati in missione, il 27 agosto 1793 Tolone accettò un'offerta di protezione da una flotta britannica che aveva navigato in mare aperto, dichiarandosi a favore del bambino Luigi VII e accogliendo gli inglesi in porto.
Mentre il Comitato di pubblica sicurezza non era un governo esecutivo, il 1 ° agosto 1793, la Convenzione rifiutò una mozione che chiedeva che diventasse il governo provvisorio; era la Francia più vicina a chiunque fosse al comando generale, e si mosse per affrontare la sfida con assoluta spietatezza. Nel corso del prossimo anno, il comitato raccolse le risorse della nazione per far fronte alle sue numerose crisi. Ha anche presieduto il periodo più sanguinoso della rivoluzione: il terrore.
Marat potrebbe essere stato ucciso, ma molti cittadini francesi stavano ancora trasmettendo le sue idee, principalmente che solo l'uso estremo della ghigliottina contro traditori, sospetti e controrivoluzionari avrebbe risolto i problemi del paese. Sentivano che il terrore era necessario, non un terrore figurativo, non una postura, ma un reale governo attraverso il terrore.
I deputati della Convenzione hanno sempre più seguito queste richieste. Ci sono state lamentele per uno "spirito di moderazione" nella Convenzione e un'altra serie di aumenti dei prezzi è stata rapidamente incolpata di "endormers" o "dozer" (come nei dormienti) deputati. Il 4 settembre 1793, una manifestazione per più salari e pane fu rapidamente rivolta a vantaggio di coloro che chiedevano il terrore e tornarono il 5 per marciare alla Convenzione. Chaumette, sostenuta da migliaia di sans-culottes, ha dichiarato che la Convenzione dovrebbe affrontare le carenze mediante una rigorosa attuazione delle leggi.
La Convenzione fu d'accordo, e inoltre votò per organizzare finalmente gli eserciti rivoluzionari che la gente aveva agitato nei mesi precedenti per marciare contro le accaparratrici e i membri non patrioti della campagna, sebbene respingessero la richiesta di Chaumette che gli eserciti fossero accompagnati da ghigliottine su ruote per giustizia ancora più rapida. Inoltre, Danton ha sostenuto che la produzione di armi dovrebbe essere aumentata fino a quando ogni patriota non avesse un moschetto e che il tribunale rivoluzionario dovrebbe essere diviso per aumentare l'efficienza. I sansculottes avevano nuovamente forzato i loro desideri nella e attraverso la Convenzione; il terrore era ormai in vigore.
Il 17 settembre è stata introdotta una legge sui sospetti che consente l'arresto di chiunque la cui condotta suggerisca di essere sostenitori della tirannia o del federalismo, una legge che potrebbe essere facilmente distorta per colpire quasi tutti nella nazione. Il terrore potrebbe essere applicato a tutti, facilmente. Vi erano anche leggi contro i nobili che erano stati tutt'altro che zelanti nel loro sostegno alla rivoluzione. Fu fissato un massimo per una vasta gamma di cibo e merci e gli eserciti rivoluzionari si formarono e si misero in cerca di traditori e schiacciando la rivolta. Persino il linguaggio era influenzato, con "cittadino" che diventava il modo popolare di riferirsi agli altri; non usare il termine era motivo di sospetto.
Di solito si dimentica che le leggi approvate durante il Terrore sono andate oltre il semplice affrontare le varie crisi. La legge di Bocquier del 19 dicembre 1793 forniva un sistema di istruzione statale obbligatoria e gratuita per tutti i bambini di età compresa tra 6 e 13 anni, sebbene con un curriculum che sottolineava il patriottismo. Anche i bambini senzatetto sono diventati una responsabilità dello stato e le persone nate fuori dal matrimonio hanno avuto il pieno diritto di eredità. Un sistema universale di pesi e misure metriche fu introdotto il 1 ° agosto 1793, mentre un tentativo di porre fine alla povertà fu fatto usando la proprietà dei "sospetti" per aiutare i poveri.
Tuttavia, sono le esecuzioni per le quali il Terrore è così famigerato, e queste sono iniziate con l'esecuzione di una fazione chiamata Enrages, che è stata presto seguita dall'ex regina, Maria Antonietta, il 17 ottobre e molti Girondini il 31 ottobre . Circa 16.000 persone (esclusi i decessi nella Vandea, vedi sotto) andarono alla ghigliottina nei nove mesi successivi quando il Terrore visse fino al suo nome, e circa lo stesso di nuovo morì di conseguenza, di solito in prigione.
A Lione, che si arrese alla fine del 1793, il Comitato di Pubblica Sicurezza decise di dare l'esempio e c'erano così tanti da ghigliottinare che il 4-8 dicembre 1793 furono giustiziati in massa con il fuoco di cannoni. Intere aree della città furono distrutte e uccise nel 1880. A Tolone, che fu riconquistata il 17 dicembre grazie a un capitano Bonaparte e alla sua artiglieria, 800 furono fucilati e quasi 300 ghigliottinati. Marsiglia e Bordeaux, anch'essi capitolati, sono fuggiti relativamente alla leggera con "solo" centinaia di giustiziati.
La controffensiva del Comitato per la sicurezza pubblica portò il terrore nel cuore della Vandea. Le forze governative iniziarono anche a vincere battaglie, forzando un ritiro che uccise circa 10.000 e "i bianchi" iniziarono a sciogliersi. Tuttavia, la sconfitta finale dell'esercito della Vandea a Savenay non fu la fine, perché seguì la repressione che devastò la zona, incendiò zone di terra e massacrò circa un quarto di milione di ribelli. A Nantes, il vice in missione, Carrier, ordinò ai "colpevoli" di essere legati su chiatte che venivano poi affondate nel fiume. Questi erano i "noyades" e uccisero almeno 1800 persone.
Le azioni dei portatori erano tipiche dell'autunno 1793 quando i deputati in missione presero l'iniziativa di diffondere il Terrore usando eserciti rivoluzionari, che potrebbero essere cresciuti fino a 40.000. Questi venivano normalmente reclutati nell'area locale in cui dovevano operare e di solito erano composti da artigiani delle città. La loro conoscenza locale era essenziale nella ricerca di accaparratori e traditori, di solito dalle campagne.
Circa mezzo milione di persone potrebbero essere state imprigionate in tutta la Francia e 10.000 potrebbero essere morte in prigione senza processo. Si sono verificati anche molti linciaggi. Tuttavia, questa fase iniziale del terrore non era, come ricorda la leggenda, rivolta ai nobili, che costituivano solo il 9% delle vittime; il clero era del 7%. La maggior parte delle esecuzioni avvennero nelle aree federaliste dopo che l'esercito ebbe ripreso il controllo e alcune aree leali sfuggirono in gran parte incolume. Era normale, la gente comune, uccidendo masse di altre persone normali, tutti i giorni. Fu una guerra civile, non di classe.
Durante il terrore, i deputati in missione iniziarono ad attaccare i simboli del cattolicesimo: distruggere immagini, vandalizzare edifici e bruciare paramenti. Il 7 ottobre, a Reims, fu demolito l'olio sacro di Clodoveo che veniva usato per ungere i re di Francia. Quando fu introdotto un calendario rivoluzionario, facendo una pausa con il calendario cristiano a partire dal 22 settembre 1792 (questo nuovo calendario aveva mesi di trenta giorni con tre settimane di dieci giorni) i deputati aumentarono la loro decristianizzazione, specialmente nelle regioni in cui la ribellione aveva stato messo giù. La Comune di Parigi fece della decristianizzazione una politica ufficiale e iniziarono gli attacchi a Parigi sui simboli religiosi: il Santo fu persino rimosso dai nomi delle strade.