Nato a Leesylvania vicino a Dumfries, in Virginia il 29 gennaio 1756, Henry Lee III era figlio di Henry Lee II e Lucy Grymes Lee. Membro di un'importante famiglia della Virginia, il padre di Lee era un secondo cugino di Richard Henry Lee che in seguito ricoprì la carica di presidente del Congresso continentale. Ricevendo la sua prima educazione in Virginia, Lee si trasferì quindi a nord per frequentare il College of New Jersey (Princeton) dove conseguì una laurea in studi classici.
Laureatosi nel 1773, Lee tornò in Virginia e iniziò una carriera legale. Questa impresa si rivelò di breve durata poiché Lee si interessò rapidamente alle questioni militari in seguito alle battaglie di Lexington e Concord e all'inizio della rivoluzione americana nell'aprile del 1775. Viaggiando a Williamsburg l'anno seguente, cercò un posto in una delle nuove Virginia si formano reggimenti per il servizio con l'esercito continentale. Commissionato come capitano il 18 giugno 1775, Lee guidò la 5a truppa del battaglione di cavalleria leggera del colonnello Theodorick Bland. Dopo aver trascorso la caduta equipaggiando e addestrando, l'unità si spostò a nord e si unì all'esercito del generale George Washington nel gennaio 1776.
Incorporata nell'esercito continentale a marzo, l'unità fu ridisegnata come 1 ° dragoni leggeri continentali. Poco dopo, Lee e la sua truppa iniziarono in gran parte a operare indipendentemente dal comando di Bland e videro il servizio nel New Jersey e nella Pennsylvania orientale insieme alle forze guidate dai principali generali Benjamin Lincoln e Lord Stirling. In questo ruolo, Lee ei suoi uomini condussero in gran parte ricognizioni, cercarono rifornimenti e attaccarono gli avamposti britannici. Stupito dalle loro prestazioni, Washington rese effettivamente l'unità indipendente quell'autunno e iniziò a impartire ordini direttamente a Lee.
Con l'inizio della campagna di Filadelfia alla fine dell'estate del 1777, gli uomini di Lee operarono nel sud-est della Pennsylvania e furono presenti, ma non impegnati, nella battaglia di Brandywine a settembre. Dopo la sconfitta, gli uomini di Lee si ritirarono con il resto dell'esercito. Il mese seguente, la truppa fu la guardia del corpo di Washington durante la Battaglia di Germantown. Con l'esercito nei quartieri invernali di Valley Forge, la truppa di Lee guadagnò fama il 20 gennaio 1778, quando contrastò un'imboscata guidata dal capitano Banastre Tarleton vicino a Spread Eagle Tavern.
Il 7 aprile, gli uomini di Lee furono formalmente separati dai primi dragoni leggeri continentali e iniziarono i lavori per espandere l'unità a tre truppe. Allo stesso tempo, Lee fu promosso maggiore su richiesta di Washington. Gran parte del resto dell'anno è stato dedicato alla formazione e all'organizzazione della nuova unità. Per vestire i suoi uomini, Lee ha scelto un'uniforme con una giacca verde corta e pantaloni bianchi o dokin. Nel tentativo di garantire la flessibilità tattica, Lee fece smontare una delle truppe per servire da fanteria. Il 30 settembre, portò la sua unità in battaglia a Edgar's Lane vicino a Hastings-on-Hudson, New York. Vincendo una vittoria su una forza di Assia, Lee non perse uomini nei combattimenti.
Il 13 luglio 1779, una compagnia di fanteria fu aggiunta al comando di Lee di servire una quarta truppa. Tre giorni dopo, l'unità servì da riserva durante il riuscito attacco del generale di brigata Anthony Wayne a Stony Point. Ispirato da questa operazione, Lee è stato incaricato di organizzare un simile assalto a Paulus Hook ad agosto. Avanzando nella notte del 19, il suo comando attaccò la posizione del maggiore William Sutherland. Superando le difese britanniche, gli uomini di Lee hanno inflitto 50 vittime e catturato oltre 150 prigionieri in cambio di due morti e tre feriti. In riconoscimento di questo risultato, Lee ha ricevuto una medaglia d'oro dal Congresso. Continuando a colpire il nemico, Lee fece irruzione in Sandy Hook, New Jersey nel gennaio 1780.
A febbraio Lee ricevette l'autorizzazione dal Congresso per formare un corpo legionario composto da tre truppe di cavalleria e tre di fanteria. Accettando volontari da tutto l'esercito, questo ha visto la "Legione di Lee" espandersi a circa 300 uomini. Sebbene a marzo avesse ordinato a sud di rinforzare la guarnigione a Charleston, Carolina del Sud, Washington ha annullato l'ordine e la legione è rimasta nel New Jersey durante l'estate. Il 23 giugno, Lee e i suoi uomini rimasero in piedi con il maggiore generale Nathanael Greene durante la battaglia di Springfield.
Ciò ha visto le forze britanniche e dell'Assia guidate dal barone von Knyphausen avanzare nel nord del New Jersey nel tentativo di sconfiggere gli americani. Assegnato a difendere i ponti di Vauxhall Road con l'assistenza del primo New Jersey del colonnello Mathias Ogden, gli uomini di Lee furono presto sottoposti a forti pressioni. Sebbene combattesse tenacemente, la legione fu quasi cacciata dal campo fino a quando non fu rinforzata dal generale di brigata John Stark. Quel novembre Lee ricevette l'ordine di marciare verso sud per aiutare le forze americane nelle Carolinas che erano state gravemente ridotte a causa della perdita di Charleston e della sconfitta a Camden.
Promosso tenente colonnello e dopo essersi guadagnato il soprannome di "cavallo leggero Harry" per le sue imprese, Lee si unì a Greene, che aveva assunto il comando nel sud, nel gennaio 1781. Ri-designato il 2 ° corpo partigiano, l'unità di Lee si unì al generale di brigata Francis Marion uomini per un attacco a Georgetown, Carolina del Sud più tardi quel mese. A febbraio, la legione ha vinto un fidanzamento a Haw River (il massacro di Pyle) e ha contribuito a proteggere la ritirata di Greene a nord sul fiume Dan ed eludere l'inseguimento delle forze britanniche sotto il tenente generale Lord Charles Cornwallis.
Rinforzato, Greene tornò a sud e incontrò Cornwallis nella battaglia di Guilford Court House il 15 marzo. I combattimenti iniziarono quando gli uomini di Lee ingaggiarono dragoni britannici guidati da Tarleton a pochi chilometri dalla posizione di Greene. Coinvolgendo gli inglesi, riuscì a resistere fino all'arrivo del 23 ° reggimento di piede per sostenere Tarleton. Rientrato nell'esercito dopo un duro combattimento, la Legione di Lee assunse una posizione sulla sinistra americana e tormentò il fianco destro britannico per il resto della battaglia.
Oltre a operare con l'esercito di Greene, le truppe di Lee lavorarono con altre forze leggere guidate da individui come Marion e il generale di brigata Andrew Pickens. Attaccando attraverso la Carolina del Sud e la Georgia, queste truppe catturarono diversi avamposti britannici tra cui Fort Watson, Fort Motte e Fort Grierson, oltre ad attaccare i lealisti nella regione. Rientrato a Greene a giugno dopo un riuscito attacco ad Augusta, GA, gli uomini di Lee erano presenti per gli ultimi giorni del fallito assedio di Novantasei. L'8 settembre, la legione ha sostenuto Greene durante la battaglia di Eutaw Springs. Guidando verso nord, Lee era presente per la resa di Cornwallis nella battaglia di Yorktown il mese seguente.
Nel febbraio 1782, Lee lasciò l'esercito chiedendo affaticamento ma influenzato dalla mancanza di sostegno per i suoi uomini e da una percepita mancanza di rispetto per i suoi successi. Di ritorno in Virginia, ha sposato sua cugina di secondo grado, Matilda Ludwell Lee, ad aprile. La coppia ebbe tre figli prima della sua morte nel 1790. Eletta al Congresso della Confederazione nel 1786, Lee prestò servizio per due anni prima di chiedere la ratifica della Costituzione degli Stati Uniti.
Dopo aver prestato servizio nella legislatura della Virginia dal 1789 al 1791, fu eletto governatore della Virginia. Il 18 giugno 1793, Lee sposò Anne Hill Carter. Insieme hanno avuto sei figli tra cui il futuro comandante confederato Robert E. Lee. Con l'inizio della Whiskey Rebellion nel 1794, Lee accompagnò il presidente Washington ovest per affrontare la situazione e fu messo al comando delle operazioni militari.
Sulla scia di questo incidente, Lee fu nominato generale maggiore nell'esercito degli Stati Uniti nel 1798 ed eletto al Congresso un anno dopo. Servendo un termine, celebrava l'elogio di Washington al funerale del presidente, il 26 dicembre 1799. I successivi anni si rivelarono difficili per Lee, poiché la speculazione sulla terra e le difficoltà economiche erodevano la sua fortuna. Costretto a scontare un anno nella prigione del debitore, scrisse le sue memorie della guerra. Il 27 luglio 1812, Lee fu gravemente ferito quando tentò di difendere un amico di giornale, Alexander C. Hanson, da una folla di Baltimora. Attaccato a causa dell'opposizione di Hanson alla guerra del 1812, Lee subì numerose ferite e ferite interne.