Il sistema di presenze alternate, o Sankin kotai, era una politica shogunata di Tokugawa che richiedeva ai daimyo (o ai signori provinciali) di dividere il loro tempo tra la capitale del proprio dominio e la capitale dello shogun di Edo (Tokyo). La tradizione iniziò in modo informale durante il regno di Toyotomi Hideyoshi (1585-1598), ma fu codificata in legge da Tokugawa Iemitsu nel 1635.
In realtà, la prima legge sankin-kotai si applicava solo a ciò che era noto come tozama o daimyo "esterno". Questi erano signori che non si unirono alla parte Tokugawa fino a dopo la Battaglia di Sekigahara (21 ottobre 1600), che cementò il potere di Tokugawa in Giappone. Molti dei signori di domini lontani, grandi e potenti erano tra i tozama daimyo, quindi erano la prima priorità dello shogun da controllare.
Nel 1642, tuttavia, anche il sankin-kotai fu esteso al Fudai daimyo, quelli i cui clan erano stati alleati con i Tokugawas anche prima di Sekigahara. Una storia passata di lealtà non era garanzia di continui buoni comportamenti, quindi anche il fudai daimyo doveva fare le valigie.
In base al sistema delle presenze alternative, a ciascun signore del dominio era richiesto di trascorrere anni alternati nelle proprie capitali o di frequentare la corte dello shogun a Edo. I daimyo dovevano mantenere case sontuose in entrambe le città e dovevano pagare per viaggiare con i loro retinues e gli eserciti di samurai tra i due luoghi ogni anno. Il governo centrale ha assicurato che i daimyo hanno ottemperato chiedendo di lasciare sempre le loro mogli e i loro figli primogeniti a Edo, come ostaggi virtuali dello shogun.
La ragione dichiarata dagli shogun per imporre questo onere al daimyo era che era necessario per la difesa nazionale. Ogni daimyo doveva fornire un certo numero di samurai, calcolato in base alla ricchezza del suo dominio, e portarli nella capitale per il servizio militare ogni due anni. Tuttavia, gli shogun hanno messo in atto questa misura per tenere occupato il daimyo e imporre pesanti spese a loro, in modo che i signori non avessero il tempo e il denaro per iniziare le guerre. La presenza alternativa era uno strumento efficace per impedire al Giappone di rientrare nel caos che caratterizzava il periodo Sengoku (1467-1598).
Il sistema di presenze supplenti aveva anche alcuni benefici secondari, forse non previsti, per il Giappone. Poiché i signori e il loro gran numero di seguaci dovevano viaggiare così spesso, avevano bisogno di buone strade. Di conseguenza, un sistema di autostrade ben curate è cresciuto in tutto il paese. Le strade principali per ogni provincia erano conosciute come Kaido.
I viaggiatori con presenze alternate hanno anche stimolato l'economia lungo il loro percorso, acquistando cibo e alloggio nelle città e nei villaggi che hanno attraversato durante il loro viaggio verso Edo. Un nuovo tipo di hotel o pensione sorse lungo il kaido, noto come Honjin, e costruito appositamente per ospitare i daimyo e le loro retinues mentre viaggiavano da e verso la capitale. Il sistema di presenze alternate ha anche fornito intrattenimento per la gente comune. Le processioni annuali dei daimy avanti e indietro nella capitale dello shogun erano occasioni festive e tutti si sono presentati per vederli passare. Dopotutto, tutti amano una parata.
Le presenze alternate hanno funzionato bene per lo Shogunate Tokugawa. Durante l'intero regno di oltre 250 anni, nessuno shogun Tokugawa ha affrontato una rivolta di nessuno dei daimyo. Il sistema rimase in vigore fino al 1862, appena sei anni prima che lo shogun cadesse nella Restaurazione Meiji. Tra i leader del movimento di restauro Meiji c'erano due dei più tozama (al di fuori) di tutti i daimyo - i signori restivi di Chosu e Satsuma, all'estremità meridionale delle principali isole giapponesi.