Una delle sfide più urgenti che gli stati africani hanno affrontato all'indipendenza è stata la mancanza di infrastrutture. Gli imperialisti europei erano orgogliosi di portare la civiltà e lo sviluppo dell'Africa, ma lasciarono le loro ex colonie con poco in termini di infrastrutture. Gli imperi avevano costruito strade e ferrovie - o meglio, avevano costretto i loro soggetti coloniali a costruirli - ma questi non erano destinati a costruire infrastrutture nazionali. Le strade e le ferrovie imperiali erano quasi sempre destinate a facilitare l'esportazione di materie prime. Molti, come la ferrovia ugandese, corsero dritti verso la costa.
A questi nuovi paesi mancava anche l'infrastruttura di produzione per aggiungere valore alle loro materie prime. Ricchi come molti paesi africani erano in colture di denaro e minerali, non potevano elaborare questi beni da soli. Le loro economie dipendevano dal commercio e questo le rendeva vulnerabili. Furono anche chiusi in cicli di dipendenze dai loro ex padroni europei. Avevano guadagnato dipendenze politiche, non economiche, e come Kwame Nkrumah - il primo primo ministro e presidente del Ghana - sapeva, l'indipendenza politica senza indipendenza economica era insignificante.
La mancanza di infrastrutture significava anche che i paesi africani dipendevano dalle economie occidentali per gran parte della loro energia. Perfino i paesi ricchi di petrolio non avevano le raffinerie necessarie per trasformare il loro greggio in benzina o olio combustibile. Alcuni leader, come Kwame Nkrumah, hanno provato a rimediare assumendo enormi progetti di costruzione, come il progetto della diga idroelettrica sul fiume Volta. La diga ha fornito l'elettricità necessaria, ma la sua costruzione ha fortemente indebitato il Ghana. La costruzione ha anche richiesto il trasferimento di decine di migliaia di ghanesi e ha contribuito al crollo del supporto di Nkrumah in Ghana. Nel 1966, Nkrumah fu rovesciato.
A Independence, c'erano diversi presidenti, come Jomo Kenyatta, che avevano avuto decenni di esperienza politica, ma altri, come Julius Nyerere, in Tanzania, erano entrati nella mischia politica pochi anni prima dell'indipendenza. C'era anche una netta mancanza di leadership civile addestrata ed esperta. I gradi inferiori del governo coloniale erano stati a lungo gestiti da soggetti africani, ma i gradi più alti erano stati riservati ai funzionari bianchi. Il passaggio agli ufficiali nazionali all'indipendenza ha comportato la presenza di individui a tutti i livelli della burocrazia con poca formazione preliminare. In alcuni casi, ciò ha portato all'innovazione, ma le molte sfide che gli stati africani hanno affrontato in indipendenza sono state spesso aggravate dalla mancanza di una leadership esperta.
I confini con cui erano rimasti i nuovi paesi dell'Africa erano quelli tracciati in Europa durante la Scramble for Africa, indipendentemente dal panorama etnico o sociale sul terreno. I soggetti di queste colonie avevano spesso molte identità che hanno battuto il loro senso di essere, ad esempio, ghanese o congolese. Le politiche coloniali che privilegiarono un gruppo rispetto a un altro o assegnarono terra e diritti politici da parte della "tribù" esasperarono queste divisioni. Il caso più famoso di questo fu la politica belga che cristallizzò le divisioni tra Hutu e Tutsi in Ruanda che portarono al tragico genocidio nel 1994.
Immediatamente dopo la decolonizzazione, i nuovi stati africani hanno concordato una politica di frontiere inviolabili, il che significa che non avrebbero cercato di ridisegnare la mappa politica dell'Africa in quanto ciò avrebbe portato al caos. I leader di questi paesi avevano, quindi, lasciato la sfida di cercare di creare un senso di identità nazionale in un momento in cui coloro che cercavano un interesse nel nuovo paese giocavano spesso alle lealtà regionali o etniche degli individui.
Infine, la decolonizzazione coincise con la guerra fredda, che presentò un'altra sfida per gli stati africani. Il push and pull tra gli Stati Uniti e l'Unione delle Repubbliche socialiste sovietiche (URSS) ha reso l'opzione di non allineamento un'opzione difficile, se non impossibile, e quei leader che hanno cercato di intagliare la terza via hanno generalmente scoperto di dover schierarsi.
La politica della guerra fredda ha anche rappresentato un'opportunità per le fazioni che hanno cercato di sfidare i nuovi governi. In Angola, il sostegno internazionale che il governo e le fazioni ribelli hanno ricevuto durante la guerra fredda ha portato a una guerra civile durata quasi trent'anni.
Queste sfide combinate hanno reso difficile stabilire forti economie o stabilità politica in Africa e hanno contribuito allo sconvolgimento che molti stati (ma non tutti!) Hanno dovuto affrontare tra la fine degli anni '60 e la fine degli anni '90.