L'evoluzione impiega molto tempo per diventare visibile. Una generazione dopo l'altra può andare e venire prima che vengano osservati eventuali cambiamenti in una specie. C'è un certo dibattito nella comunità scientifica su quanto velocemente si verifica l'evoluzione. Le due idee generalmente accettate per i tassi di evoluzione sono chiamate gradualismo ed equilibrio punteggiato.
Basato sulla geologia e sui risultati di James Hutton e Charles Lyell, il gradualismo afferma che i grandi cambiamenti sono in realtà il culmine di piccoli cambiamenti che si accumulano nel tempo. Gli scienziati hanno trovato prove di gradualità nei processi geologici, che il Dipartimento dell'educazione dell'isola del Principe Edoardo descrive come
"... processi in atto nelle morfologie terrestri e nelle superfici. I meccanismi coinvolti, agenti atmosferici, erosione e tettonica a zolle, combinano processi che per certi aspetti sono distruttivi e in altri costruttivi."
I processi geologici sono cambiamenti lunghi e lenti che si verificano nel corso di migliaia o addirittura milioni di anni. Quando Charles Darwin iniziò a formulare la sua teoria dell'evoluzione, adottò questa idea. I reperti fossili sono prove a sostegno di questa visione. Esistono molti fossili di transizione che mostrano adattamenti strutturali delle specie mentre si trasformano in nuove specie. I sostenitori del gradualismo affermano che la scala temporale geologica aiuta a mostrare come le specie sono cambiate nel corso delle diverse epoche dall'inizio della vita sulla Terra.
L'equilibrio punteggiato, al contrario, si basa sull'idea che, poiché non è possibile vedere i cambiamenti in una specie, ci devono essere periodi molto lunghi in cui non si verificano cambiamenti. L'equilibrio punteggiato afferma che l'evoluzione si verifica in brevi raffiche seguite a lunghi periodi di equilibrio. In altre parole, lunghi periodi di equilibrio (nessun cambiamento) sono "punteggiati" da brevi periodi di rapido cambiamento.
I sostenitori dell'equilibrio punteggiato includevano scienziati come William Bateson, un forte oppositore delle opinioni di Darwin, che sostenevano che le specie non si evolvessero gradualmente. Questo campo di scienziati ritiene che il cambiamento avvenga molto rapidamente con lunghi periodi di stabilità e nessun cambiamento nel mezzo. Di solito, la forza trainante dell'evoluzione è una sorta di cambiamento nell'ambiente che richiede la necessità di un rapido cambiamento, sostengono.
Stranamente, gli scienziati di entrambi i campi citano la documentazione fossile come prova a sostegno delle loro opinioni. I sostenitori dell'equilibrio punteggiato sottolineano che ci sono molti collegamenti mancanti nella documentazione fossile. Se il gradualismo è il modello corretto per il tasso di evoluzione, sostengono, dovrebbero esserci documenti fossili che mostrano prove di cambiamenti lenti e graduali. Quei collegamenti non sono mai realmente esistiti, per cominciare, sostengono i sostenitori dell'equilibrio punteggiato, in modo da rimuovere il problema dei collegamenti mancanti nell'evoluzione.
Darwin ha anche indicato prove fossili che hanno mostrato lievi cambiamenti nella struttura corporea della specie nel tempo, portando spesso a strutture vestigiali. Naturalmente, la documentazione fossile è incompleta, il che porta al problema dei collegamenti mancanti.
Attualmente, nessuna delle ipotesi è considerata più accurata. Saranno necessarie ulteriori prove prima che il gradualismo o l'equilibrio punteggiato siano dichiarati il meccanismo effettivo per il tasso di evoluzione.