La definizione di "specie" è difficile. A seconda del focus di una persona e della necessità della definizione, l'idea del concetto di specie può essere diversa. La maggior parte degli scienziati di base concorda sul fatto che la definizione comune della parola "specie" è un gruppo di individui simili che vivono insieme in un'area e possono incrociarsi per produrre prole fertile. Tuttavia, questa definizione non è veramente completa. Non può essere applicato a una specie che subisce una riproduzione asessuata poiché "incroci" non avviene in questi tipi di specie. Pertanto, è importante esaminare tutti i concetti di specie per vedere quali sono utilizzabili e quali hanno dei limiti.
Il concetto di specie più universalmente accettato è l'idea della specie biologica. Questo è il concetto di specie da cui deriva la definizione generalmente accettata del termine "specie". Proposto per la prima volta da Ernst Mayr, il concetto di specie biologica dice esplicitamente,
"Le specie sono gruppi di popolazioni naturali effettivamente o potenzialmente incrociate che sono isolate in modo riproduttivo da altri gruppi di questo tipo."
Questa definizione mette in gioco l'idea che individui di una singola specie possano incrociarsi rimanendo riproduttivamente isolati l'uno dall'altro.
Senza isolamento riproduttivo, la speciazione non può avvenire. Le popolazioni devono essere divise per molte generazioni di discendenti al fine di divergere dalla popolazione ancestrale e diventare specie nuove e indipendenti. Se una popolazione non è divisa, sia fisicamente attraverso una sorta di barriera, sia riproduttivamente attraverso il comportamento o altri tipi di meccanismi di isolamento prezygotic o postzygotic, allora la specie rimarrà come una specie e non divergerà e diventerà la sua specie distinta. Questo isolamento è fondamentale per il concetto di specie biologica.
La morfologia è l'aspetto di un individuo. Sono le loro caratteristiche fisiche e parti anatomiche. Quando Carolus Linneo uscì per la prima volta con la sua tassonomia binomiale di nomenclatura, tutti gli individui furono raggruppati per morfologia. Pertanto, il primo concetto del termine "specie" era basato sulla morfologia. Il concetto di specie morfologica non tiene conto di ciò che ora sappiamo sulla genetica e sul DNA e su come influenza l'aspetto di un individuo. Linneo non sapeva dei cromosomi e di altre differenze microevolutive che in realtà rendono alcuni individui simili a una parte di specie diverse.
Il concetto di specie morfologica ha sicuramente i suoi limiti. In primo luogo, non distingue tra specie che sono effettivamente prodotte dall'evoluzione convergente e non sono strettamente correlate. Inoltre, non raggruppa individui della stessa specie che potrebbero essere in qualche modo morfologicamente diversi come nel colore o nella dimensione. È molto più accurato usare comportamenti e prove molecolari per determinare quale sia la stessa specie e cosa no.
Un lignaggio è simile a quello che si potrebbe pensare come un ramo su un albero genealogico. Gli alberi filogenetici di gruppi di specie affini si diramano in tutte le direzioni in cui vengono creati nuovi lignaggi dalla speciazione di un antenato comune. Alcuni di questi lignaggi prosperano e sopravvivono e alcuni si estinguono e cessano di esistere nel tempo. Il concetto di specie di lignaggio diventa importante per gli scienziati che stanno studiando la storia della vita sulla Terra e il tempo evolutivo.
Esaminando le somiglianze e le differenze dei diversi lignaggi che sono correlati, gli scienziati possono determinare molto probabilmente quando la specie divergeva e si evolveva rispetto a quando c'era l'antenato comune. Questa idea di specie di lignaggio può anche essere usata per adattarsi a specie che si riproducono in modo asessuale. Poiché il concetto di specie biologica dipende dall'isolamento riproduttivo di specie a riproduzione sessuale, non può necessariamente essere applicato a una specie che si riproduce in modo asessuato. Il concetto di specie di lignaggio non ha questa moderazione e quindi può essere usato per spiegare le specie più semplici che non hanno bisogno di un partner per riprodursi.