La battaglia di Harpers Ferry fu combattuta il 12-15 settembre 1862, durante la guerra civile americana (1861-1865).
In seguito alla sua vittoria alla Seconda Battaglia di Manassas alla fine di agosto del 1862, il generale Robert E. Lee decise di invadere il Maryland con l'obiettivo di rifornire l'Esercito della Virginia del Nord in territorio nemico e di infliggere un colpo al morale del Nord. Con l'Armata del Potomac del maggiore generale George B. McClellan che stava organizzando un piacevole inseguimento, Lee divise il suo comando con il generale maggiore James Longstreet, J.E.B. Stuart e D.H. Hill entrarono e rimasero nel Maryland mentre il maggiore generale Thomas "Stonewall" Jackson ricevette l'ordine di oscillare verso ovest e poi verso sud per garantire il traghetto per Harpers. Sito del raid di John Brown del 1859, Harpers Ferry era situato alla confluenza dei fiumi Potomac e Shenandoah e conteneva un arsenale federale. Su terreno pianeggiante, la città era dominata da Bolivar Heights a ovest, Maryland Heights a nord-est e Loudoun Heights a sud-est.
Attraversando il Potomac a nord di Harpers Ferry con 11.500 uomini, Jackson intendeva attaccare la città da ovest. Per sostenere le sue operazioni, Lee inviò 8000 uomini sotto il maggiore generale Lafayette McLaws e 3.400 uomini sotto il generale di brigata John G. Walker per assicurarsi rispettivamente Maryland e Loudoun Heights. L'11 settembre, il comando di Jackson si avvicinò a Martinsburg mentre McLaws raggiunse Brownsville a circa sei miglia a nord-est di Harpers Ferry. A sud-est, gli uomini di Walker furono ritardati a causa di un tentativo fallito di distruggere l'acquedotto che trasportava il canale Chesapeake e Ohio sul fiume Monocacy. Le guide povere hanno ulteriormente rallentato la sua avanzata.
Mentre Lee si spostava verso nord, si aspettava che le guarnigioni dell'Unione a Winchester, Martinsburg e Harpers Ferry fossero ritirate per evitare che venissero tagliate e catturate. Mentre i primi due si ritirarono, il maggiore generale Henry W. Halleck, il capo generale dell'Unione, ordinò al colonnello Dixon S. Miles di trattenere Harpers Ferry nonostante le richieste di McClellan per le truppe lì di arruolarsi nell'esercito del Potomac. Possedendo circa 14.000 uomini in gran parte inesperti, Miles era stato assegnato a Harpers Ferry in disgrazia dopo che una corte d'inchiesta aveva scoperto che era stato ubriaco durante la prima battaglia di Bull Run dell'anno precedente. Un veterano di 38 anni dell'esercito americano che era stato brevettato per il suo ruolo nell'assedio di Fort Texas durante la guerra messicano-americana, Miles non riuscì a capire il terreno intorno a Harpers Ferry e concentrò le sue forze in città e su Bolivar Heights. Sebbene forse la posizione più importante, Maryland Heights fu presidiata solo da circa 1.600 uomini sotto il colonnello Thomas H. Ford.
Il 12 settembre, McLaws spinse avanti la brigata del generale di brigata Joseph Kershaw. Ostacolati da terreni difficili, i suoi uomini si spostarono lungo Elk Ridge a Maryland Heights dove incontrarono le truppe Ford. Dopo un po 'di schermaglie, Kershaw scelse di fermarsi per la notte. Alle 6:30 del mattino seguente, Kershaw riprese la sua avanzata con la brigata del generale di brigata William Barksdale a sostegno della sinistra. Due volte attaccando le linee dell'Unione, i Confederati furono respinti con pesanti perdite. Il comando tattico su Maryland Heights quella mattina passò al colonnello Eliakim Sherrill quando Ford si era ammalata. Mentre i combattimenti continuavano, Sherrill cadde quando un proiettile gli colpì la guancia. La sua perdita scosse il suo reggimento, la 126a New York, che era stato nell'esercito solo tre settimane. Questo, unito ad un attacco al fianco di Barksdale, fece rompere i newyorkesi e fuggire dietro.
Sulle alture, il maggiore Sylvester Hewitt radunò le restanti unità e assunse una nuova posizione. Nonostante ciò, ricevette ordini dalla Ford alle 15:30 per ritirarsi di nuovo attraverso il fiume anche se 900 uomini della 115a New York rimasero in riserva. Mentre gli uomini di McLaws facevano fatica a prendere Maryland Heights, gli uomini di Jackson e Walker arrivarono nell'area. A Harpers Ferry, i subordinati di Miles si resero presto conto che la guarnigione era circondata e implorò il loro comandante di montare un contrattacco su Maryland Heights. Credendo che tenere Bolivar Heights fosse tutto ciò che era necessario, Miles rifiutò. Quella notte mandò il capitano Charles Russell e nove uomini della prima cavalleria del Maryland per informare McClellan della situazione e che poteva resistere solo per quarantotto ore. Ricevendo questo messaggio, McClellan ordinò a VI Corps di muoversi per alleviare la guarnigione e inviò più messaggi a Miles per informarlo che gli aiuti sarebbero arrivati. Questi non sono arrivati in tempo per influenzare gli eventi.
Il giorno successivo, Jackson iniziò a sostituire le armi su Maryland Heights mentre Walker fece lo stesso su Loudoun. Mentre Lee e McClellan combattevano a est nella battaglia di South Mountain, le pistole di Walker aprirono il fuoco sulle posizioni di Miles intorno alle 13:00. Più tardi quel pomeriggio, Jackson ordinò al maggiore generale A.P. Hill di spostarsi lungo la riva occidentale dello Shenandoah per minacciare la sinistra dell'Unione su Bolivar Heights. Al calar della notte, gli ufficiali dell'Unione a Harpers Ferry sapevano che la fine si stava avvicinando, ma rimasero incapaci di convincere Miles ad attaccare Maryland Heights. Se avessero spostato in avanti, avrebbero trovato le altezze sorvegliate da un singolo reggimento mentre McLaws aveva ritirato la maggior parte del suo comando per aiutare a smussare l'avanzata del VI Corpo al Crampton's Gap. Quella notte, contro i desideri di Miles, il colonnello Benjamin Davis guidò 1.400 cavalieri in un tentativo di fuga. Attraversando il Potomac, scivolarono intorno a Maryland Heights e cavalcarono verso nord. Nel corso della loro fuga, catturarono uno dei treni di ordigni di riserva di Longstreet e lo scortarono a nord fino a Greencastle, Pennsylvania.
All'alba del 15 settembre, Jackson aveva spostato circa 50 cannoni in posizione sulle alture di fronte al traghetto Harpers. Aprendo il fuoco, la sua artiglieria colpì la parte posteriore di Miles e fianchi su Bolivar Heights e i preparativi iniziarono ad un assalto alle 8:00. Credendo nella situazione senza speranza e inconsapevole del fatto che il sollievo era in arrivo, Miles incontrò i suoi comandanti di brigata e prese la decisione di arrendersi. Ciò è stato accolto con una certa ostilità da un certo numero di suoi ufficiali che hanno chiesto l'opportunità di combattere. Dopo aver litigato con un capitano della 126a New York, Miles fu colpito alla gamba da una granata confederata. Cadendo, aveva fatto così arrabbiare i suoi subordinati che inizialmente si era rivelato difficile trovare qualcuno che lo portasse in ospedale. A seguito del ferimento di Miles, le forze dell'Unione avanzarono con la resa.
La Battaglia di Harpers Ferry ha visto i Confederati subire 39 morti e 247 feriti, mentre le perdite dell'Unione hanno totalizzato 44 morti, 173 feriti e 12.419 catturati. Inoltre, sono state perse 73 pistole. La cattura della guarnigione Harpers Ferry rappresentò la più grande resa della guerra dell'esercito dell'Unione e la più grande dell'esercito americano fino alla caduta di Bataan nel 1942. Miles morì per le ferite del 16 settembre e non dovette mai affrontare le conseguenze della sua esibizione. Occupando la città, gli uomini di Jackson presero possesso di un grande volume di rifornimenti dell'Unione e dell'arsenale. Più tardi quel pomeriggio, ricevette urgentemente notizie da Lee per unirsi all'esercito principale di Sharpsburg. Lasciando gli uomini di Hill per liberare i prigionieri dell'Unione, le truppe di Jackson marciarono verso nord, dove avrebbero avuto un ruolo chiave nella battaglia di Antietam il 17 settembre.
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