La Massachusetts Bay Colony fu fondata nel 1630 da un gruppo di puritani dall'Inghilterra sotto la guida del governatore John Winthrop. La concessione che autorizzava il gruppo a creare una colonia in Massachusetts fu concessa dal re Carlo I alla Massachusetts Bay Company. Mentre la società era destinata a trasferire la ricchezza del Nuovo Mondo agli azionisti in Inghilterra, i coloni stessi trasferirono la carta nel Massachusetts. Così facendo, hanno trasformato un'impresa commerciale in una politica.
Il biancospino trasportava una miscela di separatisti inglesi e olandesi, i pellegrini, in America nel 1620. Quarantuno coloni a bordo della nave firmarono il Mayflower Compact, l'11 novembre 1620. Fu il primo quadro governativo scritto nel Nuovo Mondo.
Nel 1629, una flotta di 12 navi nota come Flotta Winthrop lasciò l'Inghilterra e si diresse verso il Massachusetts. Raggiunse Salem, in Massachusetts, il 12 giugno. Lo stesso Winthrop navigò a bordo del Arbella. Fu mentre era ancora a bordo del Arbella che Winthrop tenne un famoso discorso in cui disse:
"[F] o wee deve considerare che wee sarà come una Città su una Collina, le eies di tutte le persone ci stanno sostenendo; così che se wee dovessero morire falsamente con il nostro dio in questo Wee abbiamo intrapreso e quindi farlo ritirare il suo attuale aiuto da parte nostra, sarà fatta una storia e una parola in tutto il mondo, apriremo la bocca dei nemici per parlare del male delle vie di Dio e di tutti i professi per l'amor di Dio ... "
Queste parole incarnano lo spirito dei Puritani che hanno fondato la Colonia della Baia del Massachusetts. Mentre emigravano nel Nuovo Mondo per poter praticare liberamente la loro religione, non sposavano la libertà di religione per gli altri coloni.
Sebbene la flotta di Winthrop sbarcò a Salem, non rimasero: il piccolo insediamento semplicemente non poteva supportare centinaia di coloni aggiuntivi. In breve tempo, Winthrop e il suo gruppo si erano trasferiti, su invito dell'amico William Winstone del college di Winthrop, in una nuova posizione su una penisola vicina. Nel 1630, ribattezzarono il loro insediamento a Boston dopo la città che avevano lasciato in Inghilterra.
Nel 1632, Boston divenne la capitale della colonia della Baia del Massachusetts. Nel 1640, centinaia di puritani inglesi si unirono a Winthrop e Blackstone nella loro nuova colonia. Nel 1750, oltre 15.000 coloni vivevano nel Massachusetts.
Durante il primo decennio della Massachusetts Bay Colony, si verificarono diverse crisi politiche, che si svolgevano simultaneamente, riguardo al modo in cui la religione veniva praticata nella colonia. Uno di questi è noto come "crisi antinomica" che portò alla partenza di Anne Hutchinson (1591-1643) dalla baia del Massachusetts. Stava predicando in un modo che si rivelò sconveniente per i leader della colonia e fu processato in tribunali civili ed ecclesiastici, culminati nella sua scomunica il 22 marzo 1638. Si stabilì a Rhode Island e morì pochi anni dopo vicino a Westchester, New York.
Lo storico Jonathan Beecher Field ha sottolineato che ciò che è accaduto a Hutchinson è simile ad altri esiliati e partenze nei primi giorni della colonia. Ad esempio, nel 1636, a causa delle differenze religiose, il colono puritano Thomas Hooker (1586-1647) prese la sua congregazione per fondare una colonia nel Connecticut. Nello stesso anno, Roger Williams (1603-1683) fu esiliato e finì per fondare la colonia del Rhode Island.
Nei primi giorni della colonia della Baia del Massachusetts, i puritani compirono una guerra di sterminio contro i Pequot nel 1637 e una guerra di logoramento contro i Narragansetts. Nel 1643, gli inglesi consegnarono il Narragansett sachem (leader) Miantonomo (1565-1643) ai suoi nemici, il Mohegan, dove fu sommariamente ucciso. Ma a partire dagli sforzi di John Eliot (1604-1690), i missionari nella colonia lavorarono per convertire i nativi americani locali in cristiani puritani. Nel marzo del 1644, la tribù Massachuset si sottomise alla colonia e accettò di seguire le istruzioni religiose.
Eliot istituì "città di preghiera" nella colonia, insediamenti isolati come Natick (fondato nel 1651), dove i neo convertiti potevano vivere separati dai coloni inglesi e da entrambi gli indiani indipendenti. Gli insediamenti erano organizzati e strutturati come un villaggio inglese, e i residenti erano soggetti a un codice legale che richiedeva che le pratiche tradizionali fossero sostituite da quelle vietate nella Bibbia.
Le città in preghiera suscitarono dissenso negli insediamenti europei e nel 1675 i coloni accusarono i missionari e i loro convertiti di tradimento. Tutti i nativi americani che professavano lealtà verso l'inglese furono radunati e collocati su Deer Island senza cibo e riparo adeguati. La guerra di re Filippo scoppiò nel 1675, un conflitto armato tra coloni inglesi e nativi americani guidati da Metacomet (1638-1676), il capo Wampanoag che aveva adottato il nome "Filippo". Alcuni dei convertiti indiani della Baia del Massachusetts sostenevano la milizia coloniale come esploratori ed erano cruciali per l'eventuale vittoria coloniale nel 1678. Tuttavia, nel 1677, i convertiti che non erano stati uccisi, venduti in schiavitù o guidati verso nord si ritrovarono limitati a pregare le città che erano essenzialmente riserve per le persone ridotte a vivere come domestici e inquilini.
Il Massachusetts ha svolto un ruolo chiave nella rivoluzione americana. Nel dicembre 1773, Boston fu il sito del famoso Boston Tea Party in reazione al Tea Act che era stato approvato dagli inglesi. Il Parlamento ha reagito approvando atti per controllare la colonia, compreso un blocco navale del porto. Il primo congresso continentale si tenne a Filadelfia il 5 settembre 1774 e parteciparono cinque uomini del Massachusetts: John Adams, Samuel Adams, Thomas Cushing e Robert Treat Paine.
Il 19 aprile 1775, Lexington e Concord, nel Massachusetts, furono i siti dei primi colpi sparati nella guerra rivoluzionaria. Dopo ciò, i coloni assediarono Boston che le truppe britanniche tenevano. L'assedio finì infine quando gli inglesi evacuarono nel marzo del 1776. I firmatari della Dichiarazione di Indipendenza dal Massachusetts il 4 luglio 1776 furono John Hancock, Samuel Adams, John Adams, Robert Treat Paine ed Elbridge Gerry. La guerra è continuata per altri sette anni con molti volontari del Massachusetts in lotta per l'esercito continentale.