Gli alimentatori con filtro sono animali che ottengono il loro cibo spostando l'acqua attraverso una struttura che funge da setaccio.
Alcuni filtratori sono organismi sessili: non si muovono molto, se non del tutto. Esempi di alimentatori di filtri sessili sono tunicati (schizzi di mare), bivalvi (ad esempio cozze, ostriche, capesante) e spugne. I bivalvi filtrano l'alimentazione filtrando la materia organica dall'acqua usando le branchie. Questo si ottiene usando le ciglia, che sono sottili filamenti che battono per produrre una corrente sull'acqua sopra le branchie. Le ciglia aggiuntive rimuovono il cibo.
Alcuni filtratori sono organismi a nuoto libero che filtrano l'acqua mentre nuotano o inseguono attivamente le loro prede. Esempi di questi alimentatori di filtri sono gli squali elefante, gli squali balena e le balene. Gli squali elefante e gli squali balena si nutrono nuotando attraverso l'acqua con la bocca aperta. L'acqua passa attraverso le loro branchie e il cibo viene intrappolato da rastrellatori simili a setole. Le balene di Baleen si nutrono scremando l'acqua e intrappolando la preda sui peli simili a frange del loro baleen o deglutendo in grandi quantità di acqua e preda e quindi costringendo l'acqua a uscire, lasciando intrappolata la preda all'interno.
Un alimentatore di filtro preistorico dall'aspetto interessante era il Tamisiocaris borealis, un animale simile all'aragosta che aveva gli arti a setole che avrebbe potuto usare per intrappolare la sua preda. Potrebbe essere stato il primo animale a nuoto libero a filtrare i mangimi.
I filtri di alimentazione possono essere importanti per la salute di un corpo idrico. Filtro alimentatori come cozze e ostriche filtrano piccole particelle e persino tossine dall'acqua e migliorano la chiarezza dell'acqua. Ad esempio, le ostriche sono importanti per filtrare l'acqua della baia di Chesapeake. Le ostriche nella baia sono diminuite a causa della pesca eccessiva e della distruzione dell'habitat, quindi ora ci vogliono circa un anno perché le ostriche filtrino l'acqua quando impiegava circa una settimana. Gli alimentatori di filtri possono anche indicare la salute dell'acqua. Ad esempio, gli alimentatori di filtri come i molluschi possono essere raccolti e testati per le tossine che potrebbero provocare avvelenamento da molluschi paralitici.